原位雜交（in situ hybridization）將標記的核酸探針與細胞或組織中的核酸進(jìn)行雜交，稱(chēng)為原位雜交。

使用DNA或者RNA探針來(lái)檢測與其互補的另一條鏈在細菌或其他真核細胞中的位置。

RNA原位核酸雜交又稱(chēng)RNA原位雜交組織化學(xué)或RNA原位雜交。該技術(shù)是指運用cRNA或寡核苷酸等探針檢測細胞和組織內RNA表達的一種原位雜交技術(shù)。

其基本原理是：在細胞或組織結構保持不變的條件下，用標記的已知的RNA核苷酸片段，按核酸雜交中堿基配對原則，與待測細胞或組織中相應的基因片段相結合（雜交），所形成的雜交體 (Hybrids）經(jīng)顯色反應后在光學(xué)顯微鏡或電子顯微鏡下觀(guān)察其細胞內相應的mRNA、rRNA和tRNA分子。

RNA原位雜交技術(shù) 經(jīng)不斷改進(jìn)，其應用的領(lǐng)域已遠超出DNA原位雜交技術(shù)。尤其在基因分析和診斷方面能作定性、定位和定量分析，已 成為最有效的分子病理學(xué)技術(shù)，同時(shí)在分析低豐度和罕見(jiàn)的mRNA表達方面已展示了分子生物學(xué)的一重要方向。

FISH是原位雜交技術(shù)大家族中的一員，因其所用探針被熒光物質(zhì)標記（間接或直接）而得名，該方法在80年代末 被發(fā)明，現已從實(shí)驗室逐步進(jìn)入臨床診斷領(lǐng)域?；驹硎菬晒鈽擞浀暮怂崽结樤谧冃院笈c已變性的靶核酸在退火 溫度下復性。

通過(guò)熒光顯微鏡觀(guān)察熒光信號可在不改變被分析對象（即維持其原位）的前提下對靶核酸進(jìn)行分析。DNA熒光標記探針是其中最常用的一類(lèi)核酸探針。利用此探針可對組織、細胞或染色體中的DNA進(jìn)行染色體及基因水平 的分析。熒光標記控針不對環(huán)境構成污染，靈敏度能得到保障，可進(jìn)行多色觀(guān)察分析，因而可同時(shí)使用多個(gè)探針，縮 短因單個(gè)探針?lè )珠_(kāi)使用導致的周期過(guò)程和技術(shù)障礙。